在教育合作与人才培养交流领域，双方将共同培养海南省急需的相关领域精英人才，拟在贸易、物流、旅游等南开大学优势学科领域，寻找国外优质资源落户海南，积极推进中外合作办学；在科技开发与技术转化领域，双方将合力在海南建设相关研究机构、科研平台，重点围绕海洋科学、生物医药、环境工程、信息科学、金融工程、人工智能等领域，自主或联合开展国家战略和地方急需的技术攻关与研发；在政策咨询合作领域，双方将建立定期会商与沟通机制，确定政策咨询重点和战略性课题内容，推进前沿课题研究；在校际合作、与海南省地市机构合作领域，海南省支持并鼓励南开大学与海口市、三亚市、儋州市、三沙市等地市的全面合作，南开大学将继续加强与海南大学、以及海南省其他高校和科研院所的多领域合作。

南开大学与海南省一直保持良好、持久的合作关系。2008年，双方签署《海南省人民政府南开大学战略合作框架协议》；南开大学随后在海口、三沙、万宁、三亚、儋州等开展区域产业规划和多项重大专项研究，与海南省金融办、海洋与渔业厅、教育厅等部门建立战略合作关系，持续在多领域取得实质性合作成果，实现了省校合作互惠共贏，受到海南省各方的一致高度评价；为积极响应国家重大战略，更好地服务海南自贸港建设，南开大学于2019年成立实体研究机构—“南开大学海南研究院”。

2020年7月，曹雪涛校长率南开大学代表团访问海南省，并与海南省政府举行工作座谈。时任海南省省长沈晓明对南开大学与海南省的合作成果给予高度评价，指出“当前海南正面临前所未有的发展机遇，希望与南开大学持续深化合作，成为省校合作的样板。”双方达成省校深化战略合作的一致意见。

2020年12月13日，南开大学与海南省人民政府正式续签战略合作协议。此次签约后，南开大学将整合相关学科力量落地海南，对接海南经济社会发展现实问题。南开近期还将就中外合作办学项目、高端培训、科技转化平台搭建以及建立政府智库合作机制等开展实质性工作，为加快推进海南自贸港建设发出南开声音、体现南开担当、做出南开贡献，也为南开大学新百年建设提供新平台、新支撑、新动力。